Frédéric II fonde les villes impériales de Mulhouse, Colmar, Kaysersberg, Munster. dans le landgraviat de Haute-Alsace et Wissembourg, Sélestat, Rosheim, Obernai dans le landgraviat de Basse-Alsace. A sa mort en 1.250 c'est la fin d'une époque. Le grand interrègne de 1.250-1.273 entraîne l'anarchie et l'émiettement territorial de l'Alsace. Mais le dynamisme des villes est confirmé. Rodolphe de Habsbourg devenu empereur en 1.273 crée un grand bailli impérial en 1.280 installé au château de Haguenau et chargé de veiller aux biens et aux droits de l'Empire en Alsace. En 1.262 les villes de Strasbourg et de Bâle acquièrent le titre de Ville Libre Impériale. Le pouvoir du Langrave s'affaiblit face à la pééminence des comtes de Ferrette dans le Sundgau, Thann et jusqu'au Jura. En 1.354 avec l'accord de l'empereur Charles IV, dix villes impériales d'alsace regroupent la coopération militaire et politique sous l'obédience du grand bailli d'empire (représentant l'empereur en Alsace) et dirigée par Colmar et Haguenau. C'est le Décapole , le but est d'empêcher la noblesse de reprendre la suprématie dans les villes d'alsace que sont : Wissenbourg, Haguenau, Rosheim, Obernai, Sélestat, Kaysersberg, Turckheim, Colmar, Munster, Mulhouse. Les Mulhousiens menacés par l'Autriche se rapprochent des Confédérés Suisses dont ils deviennent les alliés à partir de 1.515 leur départ est compensé par l'adhésion de la ville de Landau dans le Palatinat.

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	XIIIe Siècle
	Grand Interrègne	de	1.250	à	1.273
	Rodolphe 1er	de	1.273	à	1.291
	Adolphe de Nassau	de	1.291	à	1.298
	Albert 1er	de	1.298	à	1.308
	XIVe Siècle
	Henri VII de Luxenbourg	de	1.308	à	1.313
	Frédéric le Beau	de	1.314	à	1.330
	Louis de Bavière		1.314		1.346
	Charles IV		1.346		1.378
	Venceslas		1.378		1.400
	XVe Siècle
	Robert 1er de Palatinat		1.400		1.410
	Sigismond		1.410		1.437
	Albert II		1.438		1.439
	Frédéric III		1.440		1.493
	Maximilien 1er		1.493		1.519
	XVIe Siècle
	Charles-Quint		1.519		1.556
	Ferdinand 1er		1.556		1.564
	Maximilien		1.564		1.576
	Rodolphe II		1.576		1.612
	XVIIe Siècle
	Mathias		1.612		1.619
	Ferdinand II		1.619		1.637
	Ferdinand III		1.637		1.657
	Léopold 1er		1.657		1.705

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	En 1648, lors des traités de Westphalie seules les possessions autrichiennes en Alsace sont annexées au royaume de France. LOUIS XIV par le traité de Nimègue en 1679 intégre les villes de la Décapote dans le royaume de France. Un conseil Souverain est crée en 1657 et installé à Colmar 1698. Cette cour rend la justice française et favorise l'introduction de la législation française en Alsace.